变更子女抚养权的程序是：
1、离婚后，一方要求变更子女抚养关系的，或者子女长到有识别能力时，主动提出与另一方一起生活时，应另行起诉 。具有法定事由的，应予支持变更抚养关系 。
2、父母双方协议变更子女抚养关系的，应予准许 。
【法律依据】
【变更子女抚养权的程序是什么】根据《婚姻法》第三十六条，父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除 。离婚后，子女无论由父或母直接抚养 ， 仍是父母双方的子女 。离婚后 ， 父母对于子女仍有抚养和教育的权利和义务 。

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